Orf 3

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Orf 3 Alle Sendungen im ORF 3 Programm

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Needleman—Wunsch algorithms are used for the gene alignment. The ORF Investigator is written in the portable Perl programming language , and is therefore available to users of all common operating systems.

OrfPredictor [14] is a web server designed for identifying protein-coding regions in expressed sequence tag EST -derived sequences.

For query sequences with a hit in BLASTX, the program predicts the coding regions based on the translation reading frames identified in BLASTX alignments, otherwise, it predicts the most probable coding region based on the intrinsic signals of the query sequences.

The output is the predicted peptide sequences in the FASTA format, and a definition line that includes the query ID, the translation reading frame and the nucleotide positions where the coding region begins and ends.

It searches stretches starting with a start codon and ending at a stop codon. As an additional criterion, it searches for a stop codon in the 5' untranslated region UTR.

From Wikipedia, the free encyclopedia. National Library of Medicine. Retrieved Microbiology: An Evolving Science. New York: W.

Sieber, M. Platzer, S. Schuster The definition of open reading frame revisited. Trends Genet. Computational Genome Analysis: an introduction. Nucleic Acids Research.

Proceedings of the National Academy of Sciences.

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